有的是系统文件防止误删，但是有的文件也是一种木马或者恶意程序被隐藏在这些文件里，杀毒软件等都没有权限去删除。

具体要看你那些被隐藏的文件到底是什么了，你可以到百度上看看到底是系统文件还是什么其他的，百度上应该会有相关的处理办法。